Dalam menjalankan tugas pokok dan fungsinya, SPI UIN Walisongo mempunyai wewenang sebagai berikut:
- menentukan prosedur dan ruang lingkup pelaksanaan pengawasan;
- memeroleh akses tidak terbatas atas seluruh dokumen, data, dan infromasi keuangan dan kinerja, pencatatan aktivitas, manajemen aset, manajemen SDM, hukum dan ketatalaksanaan, fisik harta universitas dari seluruh Unit Kerja termasuk unit-unit usaha/bisnis untuk mendapatkan data dan informasi berkaitan dengan pelaksanaan tugas audit;
- mengembangkan instrumen kertas kerja audit dan buku pedoman audit internal yang relevan guna kelancaran pelaksanaan tugas dan fungsinya;
- melakukan pendampingan dan koordinasi dengan aparat pengawas intern pemerintah dan pemeriksa eksternal;
- melakukan monitoring dan evaluasi terhadap tindak lanjut rekomendasi hasil temuan audit dan pemeriksaan internal dan eksternal kepada pimpinan universitas secara berkala; dan
- menggunakan tenaga ahli/auditor eksternal jika diperlukan.